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            史上最全的lncRNA数据库大全及心得分享

            2017-01-20  MITOMMY


            miRNA研究热度正在消减,lncRNA却热火朝天。虽然老谈一直默默觉得部分lncRNA就是伸长了的miRNA,其作用机制比较类似,但有关所有lncRNA全方面的功能研究还需要进一步的探索。小伙伴们更需要装配研究的利器,帮助我们在寻求相关lncRNA信息时能够手到拈来,不费吹灰之力!今天老谈就跟大家分享一些研究lncRNA的数据库,帮助大家做好科研准备工作。当然lncRNA数据库较之于miRNA可能相对较少,毕竟后者的研究已经非常成熟。

            --by老谈


            1.

            NONCODE:

              NONCODE提供对长链非编码RNA的全面注释,包括表达和ncFANs计算机软件预测的lncRNA功能。这是非编码RNA研究的知名数据库,已经更新到2014年的8月了。

            网址:http://www.noncode.org



            Note小伙伴们小心使用时状况百出这个网站对lncRNA的命名方法是他们网站内部命名的系统!!要哭了有没有,根本找不到你要的lncRNA……但有个办法解决,因为他们网站有Blast的系统,你如果有lncRNA的序列的话,还是能找到对应的编号的。对于lncRNA在不同组织中的表达还是挺有用的。


            2.

            lncRNAdb:

              提供有生物学功能的长链非编码RNA的全面注释。这是长链非编码RNA研究领域的大牛Johnmattick实验室构建的网站。

            网站:http://www.lncrnadb.org/



            Note这个用下来凭良心说还行,输入lncRNA名称之后,会对这个lncRNA的功能及表达进行注释。这个网站用的是NCBIGene的命名法,使用上还是没有障碍的。

            3.

            CHIPbase

              提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。

            网站:http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/



            Note中大的这个数据库主要是对于一些lncRNA的表达及lncRNA与转录因子之间的关系的一个注释数据库。主要可以了解与转录因子相关的lncRNA的结合情况。要调取lncRNA的表达数据,劝你选别的数据库,因为这个网站极其坑爹,只能输入GeneSymbol并不是基因名,其实是lncRNA的转录名,一般是什么“RP11-XXXX”。举个例子:lncRNA2-1的基因名其实“LncRNA2.7”,转录名是“RP11-34P13.8”,这需要注意哦。

            4.

            LncRNome

              超过18000转录本目前已作为lncRNA标注,覆盖先前注释非编码转录本,包括大型基因间非编码RNA,反义RNA和加工的假基因。但在提供稳定的注释,交叉引用和生物相关的信息资源方面有显著的差距。由印度CSIR基因组和整合生物学研究所研究人员开发的lncRNome,旨在填补这一空白,他们通过把生物显著性的各种各样的信息注释整合到一个全面的知识库。

            数据库URL:http://genome.igib.res.in/lncRNome



            Note三哥三姐确实NB,但记住,查询的话,还是转录名:“RP11-XXXX”那种,也有其他命名法的“HAS-LNCXXXX”这种。功能上挺强大,有lncRNA的二级结构,lncRNA的蛋白互作功能预测,还有lncRNASNP位点。总的来说还不错,就是搜索起来麻烦点。

            5.

            Starbase

              一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP, PAR-CLIP , iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNAmiRNA-lncRNAmiRNA-circRNAmiRNA-ceRNARNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。

            网址:http://starbase.sysu.edu.cn/



            Note中大的良心之作,主要功能就是查询lncmiRNA的互作,蛋白及lncRNA的互作,以及正在火的ceRNA预测。不过主要功能其实还是在miRNA

            6.

            LncRNADisease:

              提供了文献报道的疾病相关的长链非编码RNA的注释。

            网站:http://cmbi.bjmu.edu.cn/lncrnadisease



            Note可以在网站中浏览,注意,是浏览lncRNA与疾病的关系注释,其实还是蛮有用的。可以免去我们为lncRNA名字纠结的麻烦。




            还有科研资源中心,全球实验protocols免费下载,实验工具类文章等科研巨献,科研文献求助等

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